FLACSO-Guatemala inicia actividades en 1987, en coincidencia con el ambiente propicio que ofrecía la transición a la democracia. Fue reconocida por el Estado de Guatemala por medio del Decreto Legislativo 96-87.

Principió como Proyecto para convertirse en Programa en agosto de 1989 (CS XIII/08, México D.F., 8/28/1989), y luego en Sede Académica en 1998 (Resolución AGO XII/05, México D.F., el 15 de mayo de 1998), al ratificar la Presidencia de la República el acuerdo inicial firmado en 1987.

Ser Sede constituye un reconocimiento a la calidad del trabajo desarrollado por la Facultad, tanto por parte del sistema FLACSO que lo acredita, como del Estado de Guatemala en el que dicha unidad funciona, e implica que la docencia y la investigación se realizan de forma permanente.

Misión

Conducir programas de docencia, investigación e incidencia de alta calidad para contribuir a la  construcción de un pensamiento plural, crítico    y    propositivo   y    la   transformación   de   la   realidad  social

guatemalteca y centroamericana en el marco del desarrollo y la democracia.

Objetivos estratégicos

a) Formar profesionales de postgrado a nivel de maestría y doctorado acreditados con altos estándares de excelencia académica y pertinencia social.

b) Promover investigaciones orientadas a la producción de conocimientos que estimulen la reflexión sobre la realidad y problemáticas específicas del contexto guatemalteco y centroamericano.

c) Realizar actividades de incidencia académica orientadas a promover la reflexión, el análisis y el debate entre actores de diferentes ámbitos sociales, sobre determinadas problemáticas sociopolíticas y culturales de carácter estratégico para el desarrollo de la sociedad.

d) Consolidar un modelo de gestión académica y administrativa para responder al objetivo superior.