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La Región Pampeana Austral Argentina, manifiesta una fuerte tendencia a la expansión agrícola. Este trabajo pretende realizar una Zonificación Agroecológica (ZAE) de la Cuenca del río Quequén Grande (CrQG), diferenciando Unidades Agroecológicas (UAE) en dos períodos, 1988-1998 y 1998-2008. La metodología utilizada fue adaptada del concepto de zonas agroecológicas de la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura (FAO). Primeramente, mediante el uso de un Sistema de Información Geográfica, se caracterizaron Unidades Ecológicas (UEc) y Unidades de Agriculturización (UAg). Posteriormente se obtuvieron las UAE a partir integrar las UEc y UAg. Se identificaron seis UAE, donde la agricultura avanza en detrimento de la ganadería, fundamentalmente en la UAE6 (49,9%) y UAE3 (45,5%) en el primer período; mientras que en el segundo período, avanza sobre la UAE1 (38%). Se concluye que la caracterización de UAE, facilita el ordenamiento ambiental del territorio, fundamental para tender a la sustentabilidad agroproductiva de la Cuenca.