O CNPq foi criado pela Lei nº 1.310, de 15 de janeiro de 1951, com a denominação de Conselho Nacional de Pesquisas. Na ocasião, o art. 1º, §1º dessa lei atribuiu ao conselho personalidade jurídica própria e o subordinou diretamente à Presidência da República. Posteriormente, a Lei nº 6.129, de 6 de novembro de 1974 transformou o Conselho Nacional de Pesquisas no atual Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico e reformulou sua configuração jurídica, atribuindo-o personalidade jurídica de direito privado, sob a forma de fundação. Desde a edição do Decreto nº 91.146, de 15 de março de 1985, o CNPq é vinculado ao Ministério da Ciência e Tecnologia (atual MCTIC). Seu estatuto mais recente foi aprovado pelo Decreto nº 8.866, de 3 de outubro de 2016.